Edad Moderna
La historia de la población en este periodo de tiempo viene de la mano con lo acaecido en el resto de Castilla. Durante el s. XVI, se desarrolla la sublevación de los Comuneros. Y es en este siglo cuándo la Corona de Castilla pasa del Imperio al comienzo de su decadencia. Cómo censo de población tenemos la referencia de 1587, en la que tambien se cita al despoblado de Hortezuela de los Valles. El estancamiento del Reino también se nota en la decadencia que sufre todo el interior peninsular, y ya en el s. XVIII la localidad sufre el azote de la Guerra de Sucesión. Son sus últimos siglos de pertenencia al Ducado de Medinaceli y por tanto a la Provincia de Soria. En la primera mitad del siguiente siglo, pasará a Guadalajara. También a finales el s. XVIII se produce la despoblación de Hortezuela de los Valles.
Edad Moderna - S.XVI-XVII
El comienzo del s. XVI depara la Guerra de las Comunidades y el comienzo del ocaso de la Corona de Castilla. En este periodo se fija Madrid cómo sede del gobierno. Riba de Saelices sigue perteneciendo al Ducado de Medinaceli, y por extensión a la antigua Provincia de Soria. Estos siglos están marcados por los continuos conflictos bélicos que afectan a la nación española. El interior peninsular también vive la inestabilidad política, económica y social generalizada, que parecen que se multiplican en las zonas eminentemente agrícolas.En estos convulsos siglos, Riba de Saelices sigue siendo el núcleo más poblado de la zona, tan sólo superado por Marranchón. Probablemente sea la época de más vitalidad del despoblado de Hortezuela de los Valles, que, aunque siendo poco importante sobrevivió durante varios siglos cómo un barrio de la localidad.
Edad Moderna - S. XVIII
Arranca otro siglo convulso con la Guerra de Sucesión. Este conflicto también se muestra en la localidad, pues sufre represalias en la retirada del ejército austracista. Durante este siglo la población de la localidad se sitúa entre los 200 y los 300 vecinos. En estas cifras se encuentra su barrio, Hortezuela de los Valles que vivirá su último siglo de existencia. Se despoblará a finales de este mismo siglo. La localidad sigue enclavada en la cuadrilla de Rata, dentro del partido judicial de Medinaceli, Provincia de Soria. En los años siguientes pasará a depender administrativamente de Cifuentes. Este último siglo pondrá fin a la relación con Medinaceli que se extendía desde el s. XII.